Boolean может выполнять некоторые операции довольно простым способом, которые порой сложно производить вручную. Этот модификатор для работы использует два объекта, конвертируя их в один.
3 операции: Union (объединение), Intersect (пересечение), Difference (вычитание). Здесь куб используется как целевой объект, а сфера - к которому применяется модификатор.
Модификатор требует наличие второго объекта, участвующего в операции (второй операнд).
Предупреждение Только при работе с развертываемыми (maniford) мешами результат работы модификатора будет хороший, в остальных случаях (в особенности неразвертываемые (manifold) меши, не пересекающие сами себя) обычно работают нормально, но могут вызывать некоторые глюки и артефакты. Также следует избегать копланарных граней (или колинейных ребер) между операндами, в таких случаях также могут возникать проблемы.
Что такое manifold и non-manifold меши, и что значит co-planar и co-linear?
Manifold (развертываемые). Исходя из словаря документации - это меши которые обычно еще называют герметичными, закрытая геометрия не пересекающая сама себя. Такие меши должны иметь нормали повернутые строго внутрь объема или наружу.
Coplanar (копланарный) - находящиеся на одной плоскости. Вот такие пересекающиеся меши, как изображено ниже, при применении модификатора приведут к появлению артефакта.
Вычитание произошло, но геометрия не удалилась
**Совет Изменения, производимые модификатором, можно видеть в режиме реального времени, если отображение целевого объекта перевести в Wireframe или иное. Делается это с помощью Редактора Свойств → Object → Viewport Display → Wireframe или Bounds

Настройки
- Operations - выбор режима (операции) работы модификатора.Difference (разница) - целевой меш будет вычтен из меша, к которому применяется модификатор. Всё, что целевой меш не покрывает, будет сохранено.
- Union (объединение) - целевой меш будет добавлен к модифицируемому.
- Intersect (пересечение) - противоположен по действию Difference: все, что не покрывает целевой меш будет сохранено. Object - название целевого объекта.Overlap Threshold - максимальное расстояние между двумя гранями, для определения будут ли они считаться пересекающимися.